خلاصه داستان: در پس نبردی طولانی و پس از شکست فرشته آخرین، شینجی آیاری به یک افسردگی عمیق دچار می شود. هنگامی که SEELE دستور می دهد که JSSDF برای حمله ستیزه جویانه به مقر NERV را می دهد، Gendo Ikari همراه با Rei Ayanami به سمت ترمینال داگما می روند، جایی که او شروع به پیشبرد برنامه های خود برای پروژه ابزار انسانی می کند. در نهایت، Shinji به محدوده به سلامت عقلی خود بر می گردد و در این حال در مقابل یک سری اتفاقات افتاده می ماند، او مجبور به تصمیم گیری سرنوشت بشریت است.